（一）随机抽查和重点检查

1.随机抽查和重点检查机制

科技部、财政部、国家税务总局建立随机抽查和重点检查机制，加强对各地高新技术企业认定管理工作的监督检查。对存在问题的认定机构提出整改意见并限期改正，问题严重的给予通报批评，逾期不改的暂停其认定管理工作。

2.重点检查

根据认定管理工作需要，科技部、财政部、国家税务总局可组织专家对各地高新技术企业认定管理工作进行重点检查，对存在问题的视情况给予相应处理。

（二）企业年报

1.按年报告年度发展情况

《高新技术企业认定管理办法》（国科发火[2016]32号）第十三条规定，企业获得高新技术企业资格后，应于每年5月底前在“高新技术企业认定管理工作网”填报上一年度知识产权、科技人员、研发费用、经营收入等年度发展情况报表。

2.未按规定报送年报的处理

根据《高新技术企业认定管理工作指引》（国科发火[2016]195号）第五条第（二）款的规定，企业获得高新技术企业资格后，在其资格有效期内应于每年5月底前通过“高新技术企业认定管理工作网”，报送上一年度知识产权、科技人员、研发费用、经营收入等年度发展情况报表；在同一高新技术企业资格有效期内，企业累计两年未按规定时限报送年度发展情况报表的，由认定机构取消其高新技术企业资格，在“高新技术企业认定管理工作网”上公告。

认定机构应提醒、督促企业及时填报年度发展情况报表，并协助企业处理填报过程中的相关问题。

（三）更名与重大变化

1.更名与重大变化的报告

《高新技术企业认定管理办法》（国科发火[2016]32号）第十七条规定，高新技术企业发生更名或与认定条件有关的重大变化（如分立、合并、重组以及经营业务发生变化等）应在3个月内向认定机构报告。经认定机构审核符合认定条件的，其高新技术企业资格不变，对于企业更名的，重新核发认定证书，编号与有效期不变；不符合认定条件的，自更名或条件变化年度起取消其高新技术企业资格。

根据《高新技术企业认定管理工作指引》（国科发火[2016]195号）第五条第（四）款的规定，高新技术企业发生名称变更或与认定条件有关的重大变化（如分立、合并、重组以及经营业务发生变化等），应在发生之日起3个月内向认定机构报告，在“高新技术企业认定管理工作网”上提交《高新技术企业名称变更申请表》，并将打印出的《高新技术企业名称变更申请表》与相关证明材料报认定机构，由认定机构负责审核企业是否仍符合高新技术企业条件。

企业仅发生名称变更，不涉及重大变化，符合高新技术企业认定条件的，由认定机构在本地区公示10个工作日，无异议的，由认定机构重新核发认定证书，编号与有效期不变，并在“高新技术企业认定管理工作网”上公告；有异议的或有重大变化的（无论名称变更与否），由认定机构按《高新技术企业认定管理办法》（国科发火[2016]32号）第十一条进行核实处理，不符合认定条件的，自更名或条件变化年度起取消其高新技术企业资格，并在“高新技术企业认定管理工作网”上公告。

2.未按规定报告的处理

根据《高新技术企业认定管理办法》（国科发火[2016]32号）第十九条的规定，未按期报告与认定条件有关重大变化情况，或累计2年未填报年度发展情况报表的，由认定机构取消其高新技术企业资格。

（四）异地迁移或搬迁

《高新技术企业认定管理办法》（国科发火[2016]32号）第十八条规定，跨认定机构管理区域整体迁移的高新技术企业，在其高新技术企业资格有效期内完成迁移的，其资格继续有效；跨认定机构管理区域部分搬迁的，由迁入地认定机构按照本办法重新认定。

根据《高新技术企业认定管理工作指引》（国科发火[2016]195号）第五条第（五）款的规定，整体迁移，是指符合《中华人民共和国公司登记管理条例》第二十九条（即公司变更住所的，应当在迁入新住所前申请变更登记，并提交新住所使用证明。公司变更住所跨公司登记机关辖区的，应当在迁入新住所前向迁入地公司登记机关申请变更登记；迁入地公司登记机关受理的，由原公司登记机关将公司登记档案移送迁入地公司登记机关）所述情况。

跨认定机构管理区域整体迁移的高新技术企业须向迁入地认定机构提交有效期内的《高新技术企业证书》及迁入地工商等登记管理机关核发的完成迁入的相关证明材料。

完成整体迁移的，其高新技术企业资格和《高新技术企业证书》继续有效，编号与有效期不变。由迁入地认定机构给企业出具证明材料，并在“高新技术企业认定管理工作网”上公告。

（五）复核、核实与审核

1.复核申请与处理

根据《高新技术企业认定管理工作指引》（国科发火[2016]195号）第五条第（三）款的规定，对已认定的高新技术企业，有关部门在日常管理过程中发现其不符合认定条件的，应以书面形式提请认定机构复核。复核后确认不符合认定条件的，由认定机构取消其高新技术企业资格，并通知税务机关追缴其不符合认定条件年度起已享受的税收优惠。

属于对是否符合《高新技术企业认定管理办法》（国科发火[2016]32号）第十一条[认定条件，第（五）款除外]、第十七条（更名或重大变化）、第十八条（整体迁移或部分搬迁）和第十九条（取消高新技术企业资格）情况的企业，按规定办理；属于对是否符合第十一条第（五）款（研发费用占比）产生异议的，应以问题所属年度和前两个会计年度（实际经营不满3年的按实际经营时间计算）的研究开发费用总额与同期销售收入总额之比是否符合第十一条第（五）款规定进行复核。

2.有关部门提出复核的处理

《高新技术企业认定管理办法》（国科发火[2016]32号）第十六条规定，对已认定的高新技术企业，有关部门在日常管理过程中发现其不符合认定条件的，应提请认定机构复核。复核后确认不符合认定条件的，由认定机构取消其高新技术企业资格，并通知税务机关追缴其不符合认定条件年度起已享受的税收优惠。

《高新技术企业认定管理办法》（国科发火[2016]32号）第十二条规定，认定机构结合专家组评审意见，对申请企业进行综合审查，提出认定意见并报领导小组办公室。认定企业由领导小组办公室在“高新技术企业认定管理工作网”公示10个工作日，无异议的，予以备案，并在“高新技术企业认定管理工作网”公告，由认定机构向企业颁发统一印制的“高新技术企业证书”；有异议的，由认定机构进行核实处理。

3.发生重大变化后的审核处理

《高新技术企业认定管理办法》（国科发火[2016]32号）第十七条规定，高新技术企业发生更名或与认定条件有关的重大变化（如分立、合并、重组以及经营业务发生变化等）应在3个月内向认定机构报告。经认定机构审核符合认定条件的，其高新技术企业资格不变，对于企业更名的，重新核发认定证书，编号与有效期不变；不符合认定条件的，自更名或条件变化年度起取消其高新技术企业资格。

（六）高新技术企业资格的取消

1.应取消高新技术企业资格的情形

自2016年1月1日起，根据《高新技术企业认定管理办法》（国科发火[2016]32号）第十九条的规定，已认定的高新技术企业有下列行为之一的，由认定机构取消其高新技术企业资格：①在申请认定过程中存在严重弄虚作假行为的；②发生重大安全、重大质量事故或有严重环境违法行为的；③未按期报告与认定条件有关重大变化情况，或累计2年未填报年度发展情况报表的。

对被取消高新技术企业资格的企业，由认定机构通知税务机关按《税收征收管理法》及有关规定，追缴其自发生上述行为之日所属年度起已享受的高新技术企业税收优惠。

《高新技术企业认定管理办法》（国科发火[2016]32号）第五条第（六）款规定：

（1）有《高新技术企业认定管理办法》第十九条所列三种行为之一的企业，自行为发生之日所属年度起取消其高新技术企业资格，并在“高新技术企业认定管理工作网”上公告。

（2）认定机构应依据有关部门根据相关法律法规出具的意见对“重大安全、重大质量事故或有严重环境违法行为”进行判定处理。

（3）认定的高新技术企业，无论何种原因被取消高新技术企业资格的，当年不得再次申请高新技术企业认定。

新旧政策有关取消高新技术企业资格的规定比较，见表8-22。

表8-22          应取消高新技术企业资格的规定比较

2.重大变化审核后取消高新技术企业资格

根据《高新技术企业认定管理办法》（国科发火[2016]32号）第十七条的规定，高新技术企业发生与认定条件有关的重大变化（如分立、合并、重组以及经营业务发生变化等）应在3个月内向认定机构报告。经认定机构审核符合认定条件的，其高新技术企业资格不变；不符合认定条件的，自条件变化年度起取消其高新技术企业资格。

3．经复核确认不符合条件而取消资格

《高新技术企业认定管理办法》（国科发火[2016]32号）第十六条规定，对已认定的高新技术企业，有关部门在日常管理过程中发现其不符合认定条件的，应提请认定机构复核。复核后确认不符合认定条件的，由认定机构取消其高新技术企业资格，并通知税务机关追缴其不符合认定条件年度起已享受的税收优惠。

（七）税务机关的日常管理

根据《国家税务总局关于实施高新技术企业所得税优惠政策有关问题的公告》（国家税务总局公告2017年第24号）第二条的规定，对取得高新技术企业资格且享受税收优惠的高新技术企业，税务部门如在日常管理过程中发现其在高新技术企业认定过程中或享受优惠期间不符合《高新技术企业认定管理办法》（国科发火[2016]32号）第十一条规定的认定条件的，应提请认定机构复核。复核后确认不符合认定条件的，由认定机构取消其高新技术企业资格，并通知税务机关追缴其证书有效期内自不符合认定条件年度起已享受的税收优惠。

1.后续管理范围

2016年版《高新技术企业认定管理办法》出台以后，税务机关和纳税人对高新技术企业在享受优惠期间是否需要符合认定条件存在较大的争议。管理办法第十六条中所称“认定条件”是较为宽泛的概念，既包括高新技术企业认定时的条件，也包括享受税收优惠期间的条件。因此，国家税务总局公告2017年第24号将税务机关后续管理的范围明确为高新技术企业认定过程中和享受优惠期间，统一了管理范围，明确了工作职责。

2.后续管理程序

2016年以前，按照《国家税务总局关于实施高新技术企业所得税优惠有关问题的通知》（国税函[2009]203号）的规定，税务部门发现高新技术企业不符合优惠条件的，可以追缴高新技术企业已减免的企业所得税税款，但不取消其高新技术企业资格。按照管理办法第十六条的规定，国家税务总局公告2017年第24号对国税函[2009]203号文件的后续管理程序进行了调整，即税务机关如发现高新技术企业不符合认定条件的，应提请认定机构复核。复核后确认不符合认定条件的，由认定机构取消其高新技术企业资格后，通知税务机关追缴税款。

3.追缴税款期限

为统一政策执行口径，国家税务总局公告2017年第24号将管理办法第十六条中的追缴期限“不符合认定条件年度起”明确为“证书有效期内自不符合认定条件年度起”，避免因为理解偏差导致扩大追缴期限，切实保障纳税人的合法权益。