纳税人购进货物从海关取得的海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额准予从销项税额中抵扣。
一、抵扣时限
（一）申请稽查比对期限
1、自2013年7月1日起，增值税一般纳税人进口货物取得的属于增值税扣税范围的海关缴款书，需经税务机关稽核比对相符后，其增值税额方能作为进项税额在销项税额中抵扣。
2、纳税人进口货物取得的属于增值税扣税范围的海关缴款书，应按照《国家税务总局关于调整增值税扣税凭证抵扣期限有关问题的通知》（国税函[2009]617号）规定，自开具日起180天内向主管税务机关报送《海关完税凭证抵扣清单》（电子数据），申请稽核比对，逾期未申请的其进项税额不予抵扣。增值税一般纳税人取得的2017年7月1日及以后开具的海关进口增值税专用缴款书，应自开具之日起360日内向主管国税机关报送《海关完税凭证抵扣清单》，申请稽核比对。
3、税务机关于每月纳税申报期内，向纳税人提供上月稽核比对结果，纳税人应向主管税务机关查询稽核比对结果信息。
对稽核比对结果为相符的海关缴款书，纳税人应在税务机关提供稽核比对结果的当月纳税申报期内申报抵扣，逾期的其进项税额不予抵扣。
政策依据：
1、国家税务总局 海关总署公告2013年第31号 国家税务总局 海关总署关于实行海关进口增值税专用缴款书“先比对后抵扣”管理办法有关问题的公告
2、国家税务总局公告2017年第11号 国家税务总局关于进一步明确营改增有关征管问题的公告
（二）海关完税凭证抵扣不以支付贷款为前提
纳税人进口货物，凡已缴纳了进口环节增值税的，不论其是否已经支付货款，其取得的海关完税凭证均可作为增值税进项税额抵扣凭证，在规定的期限内申报抵扣进项税额。
政策依据：国税发[2004]148号 国家税务总局关于增值税一般纳税人取得海关进口增值税专用缴款书抵扣进项税额问题的通知
二、准予抵扣的进项税额
纳税人从海关取得的海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额准予从销项税额中抵扣。
（一） 纳税人进口货物报关后，境外供货商向国内进口方退还或返还的资金，或进口货物向境外实际支付的货款低于进口报关价格的差额《增值税暂行条例》第八条规定，纳税人从海关取得的海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额准予从销项税额中抵扣。因此，纳税人进口货物取得的合法海关进口增值税专用缴款书，是计算增值税进项税额的唯一依据，其价格差额部分以及从境外供应商取得的退还或返还的资金，不作进项税额转出处理。
政策依据：
1、国税函[2007]350号 国家税务总局关于纳税人进口货物增值税进项税额抵扣有关问题的通知
2、国税发[2009]10号 国家税务总局关于修改若干增值税规范性文件引用法规规章条款依据的通知
【案例一】一般纳税人从境外进口货物缴纳进口增值税后，因货物原因从境外供应商取得的返还资金，应作进项税额转出处理吗？
A建筑公司（一般纳税人）从德国B公司采购建筑设备一套，合同约定的价款为1000万元。2018年5月8日设备报关进口，A建筑公司按照规定缴纳了进口增值税，并取得海关进口增值税专用缴款书。2018年7月3日设备在运行过程中出现微小故障，经与德国B公司协商，取得50万元的返还资金。请问：A建筑公司收到这笔返还资金后，是否应作进项税额转出处理？
答：根据《国家税务总局关于纳税人进口货物增值税进项税额抵扣有关问题的通知》（国税函[2007]350号）规定，纳税人从海关取得的海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额准予从销项税额中抵扣。因此，纳税人进口货物取得的合法海关进口增值税专用缴款书，是计算增值税进项税额的唯一依据，其价格差额部分以及从境外供应商取得的退还或返还的资金，不作进项税额转出处理。天马建筑公司收到50万元的返还资金，不需要作进项税额转出处理。
（二）进口环节减征的增值税税款
根据国务院有关文件的精神，按照现行增值税的有关规定，准予从销项税额中抵扣的进项税额，必须是取得合法的增值税扣税凭证上注明的增值税额。因此，对与周边国家易货贸易进口环节减征的增值税税款，不能作为下一道环节的进项税金抵扣。
政策依据：国税函发[1996]550号 国家税务总局关于易货贸易进口环节减征的增值税税款抵扣问题的通知
（三）进口环节与国内环节以及国内地区间增值税税率不一致的处理
对在进口环节与国内环节，以及国内地区间个别货物（如初级农产品、矿产品等）增值税适用税率执行不一致的，纳税人应按其取得的增值税专用发票和海关进口完税凭证上注明的增值税额抵扣进项税额。
主管税务机关发现同一货物进口环节与国内环节以及地区间增值税税率执行不一致的，应当将有关情况逐级上报至共同的上一级税务机关，由上一级税务机关予以明确。
政策依据：财税[2005]165号 财政部 国家税务总局关于增值税若干政策的通知
三、申请抵扣人
一、对海关代征进口环节增值税开具的增值税专用缴款书上标明有两个单位名称，既有代理进口单位名称，又有委托进口单位名称的，只准予其中取得专用缴款书原件的一个单位抵扣税款。
二、申报抵扣税款的委托进口单位，必须提供相应的海关代征增值税专用缴款书原件、委托代理合同及付款凭证，否则，不予抵扣进项税款。
政策依据：国税发[1996]32号 国家税务总局关于加强进口环节增值税专用缴款书抵扣税款管理的通知
四、海关进口专用缴款书的管理
（一）海关进口专用缴款书稽核比对
增值税一般纳税人进口货物时应准确填报企业名称，确保海关缴款书上的企业名称与税务登记的企业名称一致。税务机关将进口货物取得的属于增值税抵扣范围的海关缴款书信息与海关采集的缴款信息进行稽核比对。经稽核比对相符后，海关缴款书上注明的增值税额可作为进项税额在销项税额中抵扣。稽核比对不相符，所列税额暂不得抵扣，待核查确认海关缴款书票面信息与纳税人实际进口业务一致后，海关缴款书上注明的增值税额可作为进项税额在销项税额中抵扣。
政策依据：国家税务总局公告2017第3号 国家税务总局关于加强海关进口增值税抵扣管理的公告
（二）海关进口增值税专用缴款书“先比对后抵扣”管理办法
1、稽核比对的结果分为相符、不符、滞留、缺联、重号五种
相符，是指纳税人申请稽核的海关缴款书，其号码与海关已核销的海关缴款书号码一致，并且比对的相关数据也均相同。
不符，是指纳税人申请稽核的海关缴款书，其号码与海关已核销的海关缴款书号码一致，但比对的相关数据有一项或多项不同。
滞留，是指纳税人申请稽核的海关缴款书，在规定的稽核期内系统中暂无相对应的海关已核销海关缴款书号码，留待下期继续比对。
缺联，是指纳税人申请稽核的海关缴款书，在规定的稽核期结束时系统中仍无相对应的海关已核销海关缴款书号码。
重号，是指两个或两个以上的纳税人申请稽核同一份海关缴款书，并且比对的相关数据与海关已核销海关缴款书数据相同。
2、稽核比对结果异常的处理
稽核比对结果异常，是指稽核比对结果为不符、缺联、重号、滞留。
（1）对于稽核比对结果为不符、缺联的海关缴款书，纳税人应于产生稽核结果的180日内，持海关缴款书原件向主管税务机关申请数据修改或者核对，逾期的其进项税额不予抵扣。属于纳税人数据采集错误的，数据修改后再次进行稽核比对；不属于数据采集错误的，纳税人可向主管税务机关申请数据核对，主管税务机关会同海关进行核查。经核查，海关缴款书票面信息与纳税人实际进口货物业务一致的，纳税人应在收到主管税务机关书面通知的次月申报期内申报抵扣，逾期的其进项税额不予抵扣。
（2）对于稽核比对结果为重号的海关缴款书，由主管税务机关进行核查。经核查，海关缴款书票面信息与纳税人实际进口货物业务一致的，纳税人应在收到税务机关书面通知的次月申报期内申报抵扣，逾期的其进项税额不予抵扣。
（3）对于稽核比对结果为滞留的海关缴款书，可继续参与稽核比对，纳税人不需申请数据核对。
3、纳税人应在“应交税费”科目下设“待抵扣进项税额”明细科目，用于核算已申请稽核但尚未取得稽核相符结果的海关缴款书进项税额。纳税人取得海关缴款书后，应借记“应交税费——待抵扣进项税额”明细科目，贷记相关科目；稽核比对相符以及核查后允许抵扣的，应借记“应交税费——应交增值税（进项税额）”专栏，贷记“应交税费——待抵扣进项税额”科目。经核查不得抵扣的进项税额，红字借记“应交税费——待抵扣进项税额”，红字贷记相关科目。
政策依据：国家税务总局 海关总署公告2013年第31号 国家税务总局海关总署关于实行海关进口增值税专用缴款书“先比对后抵扣”管理办法有关问题的公告
五、税务机关与海关的协作配合
为进一步加强海关进口增值税专用缴款书的管理，税务机关与海关的协作事项规定如下：
1、各级税务机关、各级海关要加强协作配合，共同做好“异常”海关缴款书的核查工作。
（1）各海关应按照有关规定对海关缴款书入库数据及时进行核销，保障纳税人及时抵扣税款。
（2）各主管税务机关应于每月纳税申报期内，向纳税人提供上月海关缴款书稽核比对结果信息。纳税人上月稽核比对结果中无“滞留”的，稽核系统每月1日自动导出稽核比对结果信息；纳税人上月稽核比对结果中有“滞留”的，稽核系统于纳税申报期结束前2日自动导出稽核比对结果信息。
（3）对稽核比对结果为不符、缺联的海关缴款书，如纳税人有异议，应提交《“异常”海关缴款书数据核对申请书》申请数据核对，同时附海关缴款书原件。主管税务机关会同海关进行核查。核查流程是：主管税务机关在收到纳税人数据核对申请书的15日内，向税款入库地直属海关发出《海关缴款书委托核查函》，同时附海关缴款书复印件；税款入库地海关收到委托核查函后，在30日内以《海关缴款书核查回复函》回复发函税务机关。对海关回函结果为“有一致的入库信息”的海关缴款书，主管税务机关应及时以《海关缴款书核查结果通知书》通知纳税人申报抵扣税款。
对于稽核比对结果为重号的海关缴款书，由主管税务机关进行核查，不需向海关发函核查。
2、海关需要对海关缴款书涉及的进口增值税申报抵扣情况进行核查确认的，可向纳税人主管税务机关发出《进口增值税抵扣信息委托核查函》。主管税务机关收到委托核查函后，在30日内以《进口增值税抵扣信息核查回复函》回复发函海关。
政策依据：税总发[2013]76号 国家税务总局 海关总署关于实行海关进口增值税专用缴款书“先比对后抵扣”管理办法有关事项的通知
海关进口增值税专用缴款书实行“先比对后抵扣”管理，增值税一般纳税人取得海关进口增值税专用缴款书稽核结果相符后，其进项税额应在税务机关提供稽核结果的当月申报期内申报抵扣，逾期不予抵扣。
六、丢失海关进口增值税专用缴款书的处理
自2010年1月1日起，增值税一般纳税人丢失海关缴款书，应在申请稽核比对期内，凭报关地海关出具的相关已完税证明，向主管税务机关提出抵扣申请。主管税务机关受理申请后，应当进行审核，并将纳税人提供的海关缴款书电子数据纳入稽核系统进狞比对。稽核比对无误后，方可允许计算进项税额抵扣。
政策依据：国税函[2009]617号 国家税务总局关于调整增值税扣税凭证抵扣期限有关问题的通知
【案例二】一般纳税人进口货物，取得海关进口增值税专用缴纳书后不慎丢失，还能抵扣进项税额吗？
某建筑公司进口建筑设备一套，取得海关开具的海关进口增值税专用缴款书，该缴款书被业务人员不慎丢失。请问：该张缴款书涉及的进项税额还能抵扣吗？如果能抵扣，应如何办理？
答：根据《国家税务总局关于调整增值税扣税凭证抵扣期限有关问题的通知》（国税函[2009]第617号）规定，自2010年1月1日起，增值税一般纳税人丢失海关缴款书，应在开具之日起180日内，凭报关地海关出具的相关已完税证明，向主管税务机关提出抵扣申请。
主管税务机关受理申请后，应当进行审核，并将纳税人提供的海关缴款书电子数据纳入稽核系统进行比对。稽核比对无误后，方可允许计算进项税额抵扣。因此，该建筑公司丢失已开具的海关缴款书可以抵扣，但是必须在180日内办理。
