一般纳税人丢失海关缴款书，应在规定的认证期限内（2017年7月1日及以后开具的为开具之日起360日内，2017年7月1日以前开具的为开具之日起180日内），凭报关地海关出具的相关已完税证明，向主管税务机关提出抵扣申请。主管税务机关受理申请后，应当进行审核，并将纳税人提供的海关缴款书电子数据纳入稽核系统进行比对。稽核比对无误后，方可允许计算进项税额抵扣。