一、扣减当期进项税额的税务处理
1、进货退回或折让的税务处理
纳税人在购进货物时，发生进货退回或折让，不仅涉及货款或折让款，更涉及增值税的变更。因此，纳税人应及时对当期进项税额进行调整，如不进行及时调整，则会造成进项税额虚增，从而少缴增值税，属于典型的偷税行为。
由于进货退回或折让并不一定发生在进货的当期，税法规定，一般纳税人因进货退回和折让而从销货方收回的增值税额，应从进货退回或折让当期的进项税额中扣减。
备注：销售退回和折让税务处理中一定要注意增值税专用发票的处理和购销双方增值税额的确认时间。
2、向供货方收取的返还收入的税务处理
商业企业经营过程中，常有向供货方收取各种返还收入的现象，对此，税法规定，对商业企业向供货方收取的与商品销售量、销售额挂钩（如以一定比例、金额、数量计算）的各种返还收入，均应按照平销返利行为的有关规定冲减当期增值税进项税额。商业企业向供货方收取的各种收入，一律不得开具增值税专用发票。当期应冲减的进项税额计算公式为：
当期应冲减进项税额=当期取得的返还资金÷（1+所购进货物适用增值税税率）×所购进货物适用增值税税率
备注：1、平销返利中取得的返还收入默认为是含税的，计算当期应冲减的进项税额时要换算成不含税的再计算。
2、如某商业企业销售服装收到服装企业返利113000元，会计分录为：
借：银行存款 113000
贷：主营业务成本 100000
应交税金--应交增值税（进项税额转出） 13000
有财税人员会习惯性将返还收入记入“营业外收入”，而不理解为什么要冲减“主营业务成本”，那先来了解平销行为，平销即生产企业以商业企业经销价或高于商业企业经销价的价格将货物销售给商业企业，商业企业再以进货成本或低于进货成本的价格进行销售，生产企业则以返还利润等方式弥补商业企业的进销差价损失，由此，可以认定商业企业的初始主营业务成本是虚高的，所以应把返利收入冲减“主营业务成本”。
3、已经抵扣进项税额的购进货物或应税劳务发生用途改变的税务处理
对已经抵扣进项税额的购进货物或应税劳务发生用途改变，如用于职工福利或个人消费，购进货物发生非正常损失等，根据税法规定，应将购进货物或应税劳务的进项税额从当期的进项税额中转出。
备注：这个知识点最容易和视同销售混淆。视同销售条款中就没有规定“将购进的货物用于非增值税应税项目和集体福利或个人消费”。视同销售是要计算缴纳销项税额，而把购进的货物或应税劳务用于非增值税应税项目和集体福利或个人消费是将进项税额从当期进项税额中转出，虽然都是增加应纳增值税额，但过程还是有区别的。
二、一般纳税人注销时存货及留抵税额的税务处理
一般纳税人注销或被取消辅导期一般纳税人资格，转为小规模纳税人时，其存货不作为进项税额转出处理，其留抵税额也不予以退税。
备注：在网上读过这句话：“《财政部国家税务总局关于增值税若干政策的通知》（财税〔2005〕165号）第六条规定，一般纳税人注销或被取消辅导期一般纳税人资格，转为小规模纳税人时，其存货不作进项税额转出处理，其留抵税额也不予以退税。因此，一般纳税人办理注销时，库存未实现销售不需要补税。”这句话不知来源，但个人认为这句话中的因和果没有逻辑关系，不成因果。在实践中，一般纳税人注销，存货进项税额不需要转出，但存货通常会视同销售（将自产、委托加工或者购进的货物分配给股东或者投资者），计算缴纳增值税。
一、一般纳税人注销时留抵税额的处理
一般纳税人注销或被取消辅导期一般纳税人资格，转为小规模纳税人时，其存货不作进项税额转出处理，其留抵税额也不予以退税。
政策依据：财税[2005]165号 财政部 国家税务总局关于增值税若干政策的通知
【案例一】一般纳税人注销时其留底进项税额如何进行税务处理？
某建筑公司（一般纳税人）因公司经营战略调整，决定注销清算。停止经营时，账面留抵税额80万元。请问：该建筑公司可以将80万元的留抵税额向税务机关申请退税吗？
答：《财政部 国家税务总局关于增值税若干政策的通知》（财税[2005]165号）规定，一般纳税人注销或被取消辅导期一般纳税人资格，转为小规模纳税人时，其存货不作进项税额转出处理，其留抵税额也不予以退税。因此，该建筑公司的留抵税额不能作进项税额转出处理，也不予以退税。
二、破产、倒闭、解散、停业而注销税务登记企业的留抵税额
纳税人破产、倒闭、解散、停业后，其期初存货中尚未抵扣的已征税款，以及征税后出现的进项税额大于销项税额后不足抵扣部分（即留抵税额），税务机关不再退税。
政策依据：
1、国税函发[1995]288号 国家税务总局关于印发《增值税问题解答（之一）》的通知
2、国税函[1998]429号 国家税务总局关于企业破产、倒闭、解散、停业后增值税留抵税额处理问题的批复
三、 经营地点迁移的一般纳税人留抵税额转移
自2012年1月1日起，增值税一般纳税人经营地点迁移后仍继续经营，其一般纳税人资格以及尚未抵扣进项税额按下列规定执行：
1、增值税一般纳税人（以下简称纳税人）因住所、经营地点变动，按照相关规定，在工商行政管理部门作变更登记处理，但因涉及改变税务登记机关，需要办理注销税务登记并重新办理税务登记的，在迁达地重新办理税务登记后，其增值税一般纳税人资格予以保留，办理注销税务登记前尚未抵扣的进项税额允许继续抵扣。
2、迁出地主管税务机关应认真核实纳税人在办理注销税务登记前尚未抵扣的进项税额，填写《增值税一般纳税人迁移进项税额转移单》。
《增值税一般纳税人迁移进项税额转移单》一式三份，迁出地主管税务机关留存一份，交纳税人一份，传递迁达地主管税务机关一份。
3、迁达地主管税务机关应将迁出地主管税务机关传递来的《增值税一般纳税人迁移进项税额转移单》与纳税人报送资料进行认真核对，对其迁移前尚未抵扣的进项税额，在确认无误后，允许纳税人继续申报抵扣。
政策依据：国家税务总局公告2011年第71号 国家税务总局关于一般纳税人迁移有关增值税问题的公告
【案例二】增值税一般纳税人跨市县迁移进项税能否继续抵扣？
某建筑公司是一般纳税人，2018年3月从北京市迁移到河北省石家庄市。请问：该公司在迁移前未抵完的进项税额，能否在迁移后继续抵扣？
答：根据《国家税务总局关于一般纳税人迁移有关增值税问题的公告》（国家税务总局公告2011年第71号）规定，增值税一般纳税人因住所、经营地点变动，按照相关规定，在工商行政管理部门作变更登记处理，但因涉及改变税务登记机关，需要办理注销税务登记并重新办理税务登记的，在迁达地重新办理税务登记后，其增值税一般纳税人资格予以保留，办理注销税务登记前尚未抵扣的进项税额允许继续抵扣。增值税一般纳税人经营地点迁移，未抵扣完的进项税可以按照规定程序申请继续抵扣。因此，该建筑公司从北京跨市县迁移到河北，未抵完的进项税额在迁移后可以继续抵扣。
理论上讲，用于增值税应税项目的购进货物和应税劳务进项税额准予抵扣。实务中，进项税额的抵扣范围采用了反向列举的方式，被列入不得抵扣范围内的购进货物或应税劳务进项税额不得抵扣，没有列入不得抵扣范围的进项税额可以抵扣，如：纳税人将外购的货物用于管理部门，进项税额可以抵扣。
四、纳税人资产重组中增值税留抵税额转移
自2013年1月1日起，纳税人资产重组中增值税留抵税额处理，执行如下规定：
1、增值税一般纳税人（以下称“原纳税人”）在资产重组过程中，将全部资产、负债和劳动力一并转让给其他增值税一般纳税人（以下称“新纳税人”），并按程序办理注销税务登记的，其在办理注销登记前尚未抵扣的进项税额可结转至新纳税人处继续抵扣。
2、原纳税入主管税务机关应认真核查纳税人资产重组相关资料，核实原纳税人在办理注销税务登记前尚未抵扣的进项税额，填写《增值税一般纳税人资产重组进项留抵税额转移单》。
《增值税一般纳税人资产重组进项留抵税额转移单》一式三份，原纳税人主管税务机关留存一份，交纳税人一份，传递新纳税人主管税务机关一份。
3、新纳税人主管税务机关应将原纳税人主管税务机关传递来的《增值税一般纳税人资产重组进项留抵税额转移单》与纳税人报送资料进行认真核对，对原纳税人尚未抵扣的进项税额，在确认无误后，允许新纳税人继续申报抵扣。
政策依据：国家税务总局公告2012年第55号 国家税务总局关于纳税人资产重组增值税留抵税额处理有关问题的公告
【案例三】一般纳税人重组前留抵进项税额可以在重组后企业抵扣吗？
2018年5月，A建筑公司因公司经营战略调整，公司股东会决定派生分立。分立前账面留抵税额800万元。A建筑公司派生分立后，30%净资产划转到新设立的B公司。
请问：A建筑公司可以按照净资产的比例，将240万元的留抵税额划转给B公司抵扣吗？
答：《国家税务总局关于纳税人资产重组增值税留抵税额处理有关问题的公告》（国家税务总局公告2012年第55号）第一条规定，增值税一般纳税人在资产重组过程中，将全部资产、负债和劳动力一并转让给其他增值税一般纳税人，并按程序办理注销税务登记的，其在办理注销登记前尚未抵扣的进项税额可结转至新纳税人处继续抵扣。因此，只有办理注销税务登记的一般纳税人，留抵税额才能转到重组后新设立或存续的企业。由于A建筑公司采取的是派生分立，不办理注销登记。因此，A建筑公司的留抵税额，不能结转到B公司抵扣。
五、留抵税额抵减欠税
对纳税人因销项税额小于进项税额而产生期末留抵税额的，应以期末留抵税额抵减增值税欠税。
政策依据：国税发[2004]112号 国家税务总局关于增值税一般纳税人用进项留抵税额抵减增值税欠税问题的通知
（一）留抵税额抵减欠税的处理程序
1、关于税务文书的填开
当纳税人既有增值税留抵税额，又欠缴增值税而需要抵减的，应由县（含）以上税务机关填开《增值税进项留抵税额抵减增值税欠税通知书》（以下简称《通知书》）一式两份，纳税人、主管税务机关各一份。
2、关于抵减金额的确定
抵减欠缴税款时，应按欠税发生时间逐笔抵扣，先发生的先抵。抵缴的欠税包含呆账税金及欠税滞纳金。确定实际抵减金额时，按填开《通知书》的日期作为截止期，计算欠缴税款的应缴未缴滞纳金金额，应缴未缴滞纳金余额加欠税余额为欠缴总额。若欠缴总额大于期末留抵税额，实际抵减金额应等于期末留抵税额，并按配比方法计算抵减的欠税和滞纳金；若欠缴总额小于期末留抵税额，实际抵减金额应等于欠缴总额。
政策依据：国税函[2004]1197号 国家税务总局关于增值税进项留抵税额抵减增值税欠税有关处理事项的通知
（二）留抵税额抵减欠税的会计处理
纳税人发生用进项留抵税额抵减增值税欠税时，按以下方法进行会计处理：
1、增值税欠税税额大于期末留抵税额，按期末留抵税额红字借记“应交税费——应交增值税（进项税额）”科目，贷记“应交税费——未交增值税”科目。
2、若增值税欠税税额小于期末留抵税额，按增值税欠税税额红字借记“应交税费——应交增值税（进项税额）”科目，贷记“应交税费——未交增值税”科目。
政策文件：国税发[2004]112号 国家税务总局关于增值税一般纳税人用进项留抵税额抵减增值税欠税问题的通知
六、留抵税额抵减查补税款
1、增值税一般纳税人拖欠纳税检查应补缴的增值税税款，如果纳税人有进项留抵税额，可按照《国家税务总局关于增值税一般纳税人用进项留抵税额抵减增值税欠税问题的通知》（国税发[2004]112号）的规定，用增值税留抵税额抵减查补税款欠税。
2、为确保税务机关和国库入库数字对账一致，抵减的查补税款不能作为稽查已入库税款统计。考核查补税款入库率时，可将计算公式调整为：
查补税款入库率=(实际缴纳入库的查补税款+增值税进项留抵税额实际抵减的查补税款欠税）÷应缴纳入库的查补税款×100%
其中，“增值税进项留抵税额实际抵减的查补税款欠税”反映考核期内实际抵减的查补税款欠税。
政策依据：国税函[2005]169号 国家税务总局关于增值税一般纳税人将增值税进项留抵税额抵减查补税款欠税问题的批复
七、营改增试点纳税人挂账留抵税额
原增值税一般纳税人兼有销售服务、无形资产或者不动产的，截止到纳入营改增试点之日前的增值税期末留抵税额，不得从销售服务、无形资产或者不动产的销项税额中抵扣。但自2016年12月1日起，挂账留抵进项税额有余额的，可将余额一次性计入上期留抵税额进行抵扣。
政策依据：
