需要分情况：

一、财政部监制的通行费发票不能抵扣进项税额。

二、税务机关监制的计算抵扣：

自2018年1月1日起，纳税人支付的道路通行费，按照收费公路通行费增值税电子普通发票上注明的增值税额抵扣进项税额。

在过渡期内可以按照以下规则计算扣除：

1、高速公路通行费：2018年1月1日至6月30日，可凭通行费发票上注明的金额计算可抵扣的进项税额：

高速公路通行费可抵扣进项税额=高速公路通行费发票上注明的金额÷(1+3%)×3%

2、一级、二级公路通行费：2018年1月1日至12月31日，可凭通行费发票上注明的金额计算可抵扣进项税额：

一级、二级公路通行费可抵扣进项税额=一级、二级公路通行费发票上注明的金额÷(1+5%)×5%

3、桥、闸通行费：暂凭通行费发票上注明的金额计算可抵扣的进项税额：

桥、闸通行费可抵扣进项税额=桥、闸通行费发票上注明的金额÷(1+5%)×5%

政策依据：

财税[2017]90号 财政部、税务总局关于租入固定资产进项税额抵扣等增值税政策的通知