1、增值税：2018年1月1日至6月30日期间，一般纳税人仍然可以按通行费发票(不含财政票据)计算抵扣进项税额；6月30日之后只能凭收费公路通行费增值税电子普通发票进行抵扣。

2、企业所得税：目前没有政策明确作废通行费发票，所以取得通行费发票可以作为合法有效凭证在税前扣除。

政策依据：财税[2017]90号 财政部 税务总局关于租入固定资产进项税额抵扣等增值税政策的通知