一、跨地区总分机构
根据《中华人民共和国企业所得税法》第50条规定，居民企业在中国境内设立不具有法人资格的营业机构的，应当汇总计算并缴纳企业所得税。
1、通过审核企业总分机构在主管税务机关的备案和登记信息；核查其是否符合跨地区经营汇总纳税总分机构的条件。
2、通过企业财务会计决算报告及《中华人民共和国企业所得税年度纳税申报表》及其附表、《中华人民共和国汇总纳税分支机构分配表》，各分支机构的年度财务报表和各分支机构参与企业年度纳税调整情况的说明，计算各分支机构应分摊所得税款的比例以及分摊税款是否正确。
3、对于总机构和分支机构处于不同税率地区的，通过核实《中华人民共和国汇总纳税分支机构分配表》及《中华人民共和国企业所得税年度纳税申报表》及其附表，查看不同税率地区机构的应纳税所得额计算是否正确，分摊税款金额是否正确。
二、企业清算所得
根据《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第11条规定，清算所得，是指企业的全部资产可变现价值或者交易价格减除资产净值、清算费用以及相关税费等后的余额。
1、通过董事会及股东会决议、企业重组合同或协议、工商部门吊销营业执照的相关文书，核实企业是否应进行清算。
2、通过企业近5年《中华人民共和国企业所得税年度纳税申报表》及其附表，审核企业是否在清算时按照税法规定年限弥补亏损。
3、通过企业填报的《中华人民共和国企业清算所得税申报表》及其附表，审核企业在清算期间，是否按照规定，停止享受除免税收入外的其他税收优惠政策。
4、运用对比分析法，以企业清算报告为依据，核实企业填报的《中华人民共和国企业清算所得税申报表》，审核企业清算所得是否是全部资产可变现价值或交易价格，减除资产的计税基础、清算费用、相关税费，加上债务清偿损益等后的余额。
5、运用对比分析法，以企业清算报告为依据，核实企业填报的《中华人民共和国企业清算所得税申报表》，审核企业“账面价值”“计税基础”是否是清算开始日金额；“资产处置损益”是否为企业全部资产按可变现价值或交易价格扣除其计税基础后确认的资产处置所得或损失金额；企业未收回的应收账款是否确认为损失；“负债清偿损益”是否为填报纳税人全部负债按计税基础减除其清偿金额后确认的负债清偿所得或损失金额；企业未付出的应付账款是否确认为收益。
三、企业重组
根据《财政部 国家税务总局关于重组业务企业所得税处理若干问题的通知》(财税[2009]59号）、《国家税务总局关于发布<企业重组业务企业所得税管理办法>的公告》（国家税务总局公告2010年第4号）规定，企业重组业务，是指企业法律形式改变、债务重组、股权收购、资产收购、合并、分立等各类重组。
1、通过重组合同或协议、董事会和股东大会决议、有关部门批复文件以及企业会计账簿及凭证等相关资料，核实企业重组的类型、重组日。
2、对于按一般性税务处理的重组各方，通过重组合同或协议、评估机构评估报告、有关部门批复文件、企业会计账簿及凭证、银行划款凭证及《中华人民共和国企业清算所得税申报表》等相关资料，核查重组各方是否确认了重组所得或损失，是否按规定确认了重组资产的计税基础。
3、通过重组协议或合同、评估机构评估报告、银行划款凭证及会计凭证，核查企业是否符合特殊性重组条件，根据企业重组类型，确定重组主导方。
4、通过企业的《中华人民共和国企业所得税年度纳税申报表》及其附表和经税务机关审核的重组备案资料，核查符合特殊性重组形式的当事各方是否在重组业务完成当年企业所得税年度申报时，向主管税务机关进行了备案登记。
5、对于符合特殊性税务处理并选择特殊处理的重组业务的企业，通过重组协议、股东协议、工商营业执照及税务登记证，核查其在规定的时间内（12个月内），重组中的主要条件如股东变化、实质性经营活动是否发生变化；若变化导致不再符合原先确定条件的，应核查企业相应会计账簿及凭证，核查企业是否按规定调整了原来的税收处理方式。
四、关联企业业务往来
根据《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第109条规定，关联方是指在资金、经营、购销等方面存在直接或间接的控制关系；直接或间接地同为第三者控制；在利益上具有相关联的其他关系的企业、其他组织或者个人。
1、通过核查公司章程、协议、分红、供应商资料等，确定与公司利益上具有关联关系的企业。
2、结合《中华人民共和国企业年度关联业务往来报告表》，使用比较分析法，将关联企业的商品（应税劳务）购进及销售价格、资产交易金额、销售利润率与企业同类同期产品（商品、劳务）购进及销售价格、同期同行业的平均购销价格、销售利润率进行对比，核实购进、销售价格、资产交易金额及销售利润率是否明显偏离正常范围，确定企业与其关联方之间的业务往来是否符合独立交易原则。
3、通过企业利息支出相关会计账簿及凭证，审核企业是否存在支付给关联方的利息支出；若存在，应审核企业扣除的支付给关联方的利息支出，是否符合税法规定的比例范围；若超过规定比例范围的部分，应对比该企业《中华人民共和国企业所得税年度纳税申报表》及其附表，审核其是否进行了纳税调增。
