根据企业经营的范围、规模和总部对加盟店的控制程度，零售连锁经营在财务核算上分俩种：独立核算和非独立核算。一般，直营连锁的零售连锁经营企业适合采用非独立核算，即统一的会计处理。特许经营连锁和自由连锁模式下的零售连锁经营企业适合采用独立核算，即独立的会计处理。

独立核算时指总部与门店都实行独立的会计核算，在这种核算方式下，总部和门店都是会计主体，应设立独立的会计机构。目前较为成熟的连锁经营模式为，总部+直营+加盟店+配送中心模式，亦适合采用独立核算的方法，有些情况下，直营店也采用独立核算的方式。零售连锁模式下，独立核算的会计处理如下：

①总店向门店的拨付资金

总部向门店拨付资金，根据资金转账付款凭证，借记基层往来——某门店，贷记银行存款。门店收到总部的拨付资金，借记银行存款，贷记总部往来。

②总部统一商品采购业务

1.商品统一采购：总部根据收到的增值税专用发票和付款凭证，借记商品采购/在途物资，应交税费——应交增值税（进项税），贷记银行存款，应付账款等科目。

2.商品入库

③商品纵向调配业务

1.向直营店调配商品业务

2.向加盟店调配商品业务

④商品横向调配业务

1.直营店向直营店商品调配业务

   2.加盟店向加盟店商品调配业务

3.直营店向加盟店商品调配业务

4.加盟店向直营店调配商品业务

加盟店向直营店调配商品，视同总部的销售退货，加盟店和总部按退货进行相关处理。

⑤门店的发生的成本费用和经营收入。

直营门店的销售成本及费用账户余额需按时结转到总部，直营店之外的加盟店，发生的销售成本及费用的账户余额无需结转到总部。独立核算下，加盟店的销售收入和销售成本无需结转总部，但对营业款，需要通过总部往来科目缴纳，总部在扣除相关的费用（加盟费、调配费用、包装费等等）后，其余的为加盟店可以自由动用的金额。此外，在直营模式下，一般固定资产均有总部进行登记核算，相应的折旧计入总部的会计账簿，因此对于直营店的收益部分，需考虑折旧的影响，即将直营店上报的净收益减去应分摊的折旧费，为真实的直营店的收益。

税务上的处理：《连锁经营企业增值税纳税地点问题》（财税字[1997]97号）：“三、对自愿连锁企业，即连锁店的门店均为独立法人，各自的资产所有权不变的连锁企业和特许连锁企业，即连锁店的门店同总部签订合同，取得使用总部商标，商号，经营技术及销售总部开发商品的特许权的连锁企业，其纳税地点不变，仍由各独立核算门店分别向所在地主管税务机关申报缴纳增值税。”除直营店作为独立核算的分支机构外，其他的加盟店均为独立的法人，独立缴纳增值税。企业所得税，除独立核算的直营店外，其他加盟店作为独立法人，独立核算，独立缴纳企业所得税。