这个是没有影响的，不会涉及重复抵扣的问题。勾选平台会根据认证结果去重的，也建议您后期直接使用更为方便、高效的勾选认证替代原有扫描认证的方式。

政策依据：

1、国家税务总局公告2016年第7号 国家税务总局关于纳税信用A级纳税人取消增值税发票认证有关问题的公告：

第一款 纳税人取得销售方使用增值税发票系统升级版开具的增值税发票（包括增值税专用发票、货物运输业增值税专用发票、机动车销售统一发票，下同），可以不再进行扫描认证，通过增值税发票税控开票软件登录本省增值税发票查询平台，查询、选择用于申报抵扣或者出口退税的增值税发票信息。

2、国家税务总局公告2016年第23号 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点有关税收征收管理事项的公告：

第五款 扩大取消增值税发票认证的纳税人范围

（一）纳税信用B级增值税一般纳税人取得销售方使用新系统开具的增值税发票（包括增值税专用发票、货物运输业增值税专用发票、机动车销售统一发票，下同），可以不再进行扫描认证，登录本省增值税发票查询平台，查询、选择用于申报抵扣或者出口退税的增值税发票信息，未查询到对应发票信息的，仍可进行扫描认证。

3、国家税务总局公告2016年第71号 国家税务总局关于按照纳税信用等级对增值税发票使用实行分类管理有关事项的公告：

第二款 扩大取消增值税发票认证的纳税人范围：

将取消增值税发票认证的纳税人范围由纳税信用A级、B级的增值税一般纳税人扩大到纳税信用C级的增值税一般纳税人。